Bueno, no se si alguien ha tenido esta necesidad o la tendrá, pero yo he tenido que hacerlo recientemente y aquí está descrito brevemente el proceso de como hacerlo.
La información la he obtenido del la página http://www.jroller.com/page/gursesl/print/remote_application_debugging_with_weblogic
1. Configurar el plug-in de java para realizar debug :
En el panel de control -> Java Plug-in, poner los siguientes parámetros del runtime de java -Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=8000
2. Eclipse
Run -> Debug...
Crear un perfil Remote Java Application.
Seleccionar el proyecto que contiene los fuentes para la depuración y el puerto 8000 que es el que hemos seleccionado en el java plug-in.
Bueno, espero que cuando lo necesiteis no tengais que perder una mañana para ver como se hace.